أصدر الرئيس المصري عبد الفتاح السيسي مرسومًا رئاسيًا بتشكيل مجلس إدارة هيئة أوقاف الكنيسة الكاثوليكية. ونُشر المرسوم في الجريدة الرسمية تحت رقم 80 لعام 2021. كما صدر مرسوم رئاسي آخر بتشكيل مجلس إدارة هيئة أوقاف الكنيسة الإنجيلية في مصر.

ويضع المرسوم الرئاسي الجديد بطريرك الأقباط الكاثوليك الأنبا إبراهيم إسحق سدراك على رأس مجلس إدارة الهيئة لمدة 4 سنوات. وهناك بالإضافة إلى البطريرك 11 عضوًا في المجلس: أساقفة وكهنة وعلمانيين وعلمانيات ينتمون إلى جميع الكنائس الكاثوليكية الموجودة في الأراضي المصرية.

يُكمل المرسوم الرئاسي العملية التي بدأت في عام 2019 بإنشاء لجنة حكومية مكلفة بإعداد مشروع قانون لإنشاء هيئات لإدارة الأصول العائدة للكنيسة الكاثوليكية والكنائس الإنجيلية الموجودة في مصر. في عام 2019، أرسلت الكنيسة الكاثوليكية والكنائس الإنجيلية إلى الجهات الحكومية المختصة طلبًا لإنشاء هيئات مسؤولة عن الرقابة والإدارة السليمة لممتلكاتهم وعقاراتهم، على غرار الجهات التي تدير الأصول التابعة للكنسية القبطية الأرثوذكسية والإسلاميّة.

وكان الأنبا كيرلس وليم، أسقف الأقباط الكاثوليك في أسيوط، قد أفاد في مقابلة مع وكالة فيدس الفاتيكانيّة، في كانون الثاني 2020، أن الهيئات المعنية "يجب أن تراقب الاستخدام الصحيح للتبرعات وتجنب أي مكاسب شخصية، خاص أو عشائرية في استخدام الأصول الكنسية".